Visi :

Terwujudnya IAIN Pekalongan sebagai perguruan tinggi terkemuka dan kompetitif ditingkat global dalam pengembangan harmonisasi ilmu dan agama menuju masyarakat yang salih, cerdas, unggul, dan moderat.

Misi :

1. menyelenggarakan pendidikan untuk menghasilkan lulusan yang salih, cerdas, unggul, dan moderat;
2. mengembangkan harmonisasi ilmu dan agama melalui penelitian dan publikasi ilmiah untuk pembangunan nasional;
   
3. berperan aktif dalam pemberdayaan masyarakat melalui penguatan moderasi beragama;
4. meningkatkan produktifitas dan daya saing pendidikan tinggi ditingkat global;
5. menyelenggarakan tata kelola kelembagaan secara profesional, transparan, akuntabel, adil dan bertanggung jawab.

Tujuan :

1. terselenggaranya pendidikan yang menghasilkan lulusan yang salih, cerdas, unggul, dan moderat;
   
2. terwujudnya harmonisasi ilmu dan agama melalui penelitian dan publikasi ilmiah yang mendukung pembangunan nasional;
   
3. terbentuknya masyarakat yang moderat dan kompetitif;
4. terwujudnya produktifitas dan daya saing pendidikan tinggi ditingkat global;
5. terwujudnya tata kelola kelembagaan yang profesional, transparan, akuntabel, adil dan bertanggung jawab.