Visi :
Terwujudnya IAIN Pekalongan sebagai perguruan tinggi terkemuka dan kompetitif ditingkat global dalam pengembangan harmonisasi ilmu dan agama menuju masyarakat yang salih, cerdas, unggul, dan moderat.
Misi :
- menyelenggarakan pendidikan untuk menghasilkan lulusan yang salih, cerdas, unggul, dan moderat;
- mengembangkan harmonisasi ilmu dan agama melalui penelitian dan publikasi ilmiah untuk pembangunan nasional;
- berperan aktif dalam pemberdayaan masyarakat melalui penguatan moderasi beragama;
- meningkatkan produktifitas dan daya saing pendidikan tinggi ditingkat global;
- menyelenggarakan tata kelola kelembagaan secara profesional, transparan, akuntabel, adil dan bertanggung jawab.
Tujuan :
- terselenggaranya pendidikan yang menghasilkan lulusan yang salih, cerdas, unggul, dan moderat;
- terwujudnya harmonisasi ilmu dan agama melalui penelitian dan publikasi ilmiah yang mendukung pembangunan nasional;
- terbentuknya masyarakat yang moderat dan kompetitif;
- terwujudnya produktifitas dan daya saing pendidikan tinggi ditingkat global;
- terwujudnya tata kelola kelembagaan yang profesional, transparan, akuntabel, adil dan bertanggung jawab.